Es war damals üblich, dass weltiche Herren Klöster gründeten; das erhöhte einerseits die Chance, nach dem Ableben irgendwie belohnt zu werden, andererseits konnten auch missliebige Verwandte oder Kinder hinter diesen Gemäuer verbannt werden.
So geschah es um 1027, auf einer Terrasse im Bünztal gründeten die Habsburger das Kloster, nachdem sie die vorherigen Besitzer des Landes enteignet hatten. Das Dorf und die umliegenden Gehöfte unterstanden nun der Gewalt der geistlichen Herren. Haupteinkommen war der Getreideanbau und Handwerk. Nach der Übernahme der Macht in der Region durch die Eidgenossen blieb dieses System weiterhin bestehen, es gipfelte sogar darin, dass in der Barockzeit der deutsche Kaiser den Abt zum Fürstabt beförderte, was zusätzliche Privilegien brachte wie Stimmrecht bei der Reichsversammlung und Gerichtsbarkeit über die Untertanen. Vor gut 350 Jahren war das Klosters das reichtste in der Schweiz, das Geld wurde in den Bau der hübschen Barockkirche, der Erweiterung der Klosteranlage und in den Unterhalt von Künstlern investiert, deren bekanntester Vertreter Caspar Wolf war, ein lokaler Landschaftsmaler.
Das Ende kam nicht mit Napoleon, sondern mit der Säkularisierung im Kanton Aargau 1841; dem vorausgegangen war ein heftiger Streit zwischen den Konfessionen über die neue Kantonsverfassung, was zu einem bewaffneten Zwischenfall führte, hinter dem die Regierung die Klöster vermutete.
Heute sind in den Gebäuden die Gemeinde- und Bezirksverwaltung untergebraucht, Schule und Kindergarten wie auch das Museum über das Kloster Muri. Dank Renovationen an der Kirche und der Anlage strahlt der Komplex wieder über die Ebene hin zur Reuss; wer genau hinhört, kann aus der Kirche auch Orgelmusik vernehmen.